WGS

CÉLZOTT (PANEL) SZEKVENÁLÁS

A panelek, a célzott szekvenálás egy adott betegséghez vagy betegségcsoporthoz kapcsolódó gének kiválasztásának és elemzésének módszere. Ez a leggazdaságosabb és leghatékonyabb diagnosztikai módszer olyan esetekben, amikor a gyanús betegségek génjeit már azonosították. A megcélzott gének egyes bázisai nagyobb lefedettséggel és mélységgel kerülnek leolvasásra, így könnyebben értelmezhetők a jelentés eredményei.

TELJES EXOM SZEKVENÁLÁS (WES)

A WES-nek vannak bizonyos korlátai, mivel nem minden exonikus régió értékelhető, illetve a nem kódoló régiók teljesen kimaradnak a szekvenálásból, így szinte lehetetlen a funkcionális variánsok kimutatása. Ezen túlmenően, néhány kópiaszám-változás kivételével, beleértve a duplikációkat, a WES alacsony érzékenységet mutat a strukturális variánsokkal (SV) szemben. Átlagosan ~100 000 mutáció azonosítható a WES adatokból egyedenként. Mindazonáltal, mivel a WES kevesebb szekvenáló reagenst igényel, mint a WGS, bizonyos esetekben első szintű vizsgálatként javasolt, például olyan esetekben, amikor különösen súlyos tünetek jelentkeznek újszülött, vagy gyermekkorban, kiterjedt, összetett és nem specifikus tünetekkel; feltételezett kromoszóma-egyensúlyzavar, mikrodeléció vagy mikroduplikációs szindróma; és olyan patogén mutációk, amelyeket korábbi genetikai tesztekkel nem lehetett kimutatni.

TELJES GENOM SZEKVENÁLÁS (WGS)

A WGS magában foglalja a teljes genom elemzését, ezért diagnosztikai aránya a legmagasabb az összes genetikai vizsgálati módszer között. Más szóval, ennek a módszernek az első szintű elemzésként történő alkalmazása kiterjeszti a génelemzés lefedettségét a nem kódoló régiókra, ezáltal csökkentve a szükségtelen ismétlődő teszteléseket. Ezenkívül ez a módszer lehetővé teszi olyan eltérések kimutatását, mint például a strukturális variáns (SV) és a mitokondriális DNS, amelyek nem értékelhetők önmagában a WES segítségével. A WES-hez képest a WGS több adatot generál, és ezen adatok tárolásának és elemzésének költsége kétszer-háromszor magasabb, mint a WES-é. A nem kódoló (intronikus) régiókban talált variánsok interpretációja nehezebb mivel kevesebb információ áll rendelkezesre róluk az exonikus régiókkal összehasonlítva.

A WGS leginkább akkor javasolt, ha a patogén variánsokat célzott (panel) szekvenálás vagy WES segítségével nem lehetett kimutatni. Átlagosan 3-5 millió mutációt detektálunk a WGS segítségével.

Az egyes betegek számára legmegfelelőbb alkalmazás kiválasztásához a klinikusoknak átfogóan figyelembe kell venniük a beteg diagnosztikai szakaszát, tüneteit, életkorát, kórtörténetét és családi anamnézisét. 2021-ben az ACMG határozottan javasolta mind a WGS-t, mind a WES-t elsődleges vagy másodlagos tesztként ritka genetikai betegségekben és veleszületett rendellenességekben, fejlődési késésekben vagy értelmi fogyatékosságokban szenvedő betegeknél.